Na minha experiência, tentando corrigir isso a partir de seus dados atuais, você terá o tempo que quiser e não haverá garantia de que seu resultado seja idêntico aos dados iniciais. Pode ser mais fácil esperar até que o banco de dados esteja disponível novamente.
O problema básico é que a conversão para um formato CSV simples não é bijetiva - simplesmente não há mapeamento direto do arquivo CSV para os dados originais. Você pode tentar reduzir esse problema usando algumas heurísticas, mas precisará de uma certa quantidade de scripts ou programação. Também depende da plataforma e das ferramentas disponíveis e, por último, das suas habilidades.
Você pode ter alguns registros, em que nenhum valor de campo tem uma vírgula incorporada. Extraia estes primeiro, mesmo que haja poucos, é um ponto de partida.
Pode ser que você encontre uma heurística para distinguir pelo menos algumas das vírgulas "incorporadas" pelo campo que separa as vírgulas.
Você pode tentar identificar valores de dados de colunas de características, por exemplo, endereço de e-mail, número de telefone, etc. Trabalhando a partir daí, você pode reduzir o número de colunas que precisam de uma inspeção mais cuidadosa.
Continuar passo a passo de maneira a permitir que você transforme seus dados em um formato mais adequado, por exemplo, usando guias como separadores de campo.
Você também deve pensar em extrair apenas algumas colunas e um valor de chave exclusivo (número de registro?) na primeira etapa e, posteriormente, corresponder às diferentes partes.
Anote, documente, mantenha um registro do que você está fazendo. Caso contrário, você vai piorar as coisas em vez de melhorar.
Boa sorte!