De acordo com a página man do ls:
List information about the FILEs (the current directory by default).
ls destina-se a mostrar o tamanho dos arquivos no sistema de arquivos, não para mostrar o uso de um diretório. du mostrará o uso total de um objeto do sistema de arquivos.
Então ls está fazendo o que é suposto fazer. Enquanto seu diretório de aplicativos pode conter arquivos que usam mais de 3.8K, o diretório de aplicativos em si é realmente apenas 3.8K no disco.