Isso se resolveu por mim sem nenhuma razão óbvia.
Eu tentei permitir que o Skype aparecesse na systray executando:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'scp-dbus-service', 'Update-notifier', 'Skype']"
Eu também tentei fazer:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"
Ambas as vezes eu reiniciei o Skype depois. Alguma idéia?
Isso se resolveu por mim sem nenhuma razão óbvia.
Eu experimentei esse problema no meu laptop, e minha solução foi simplesmente reinstalar o Skype (i386) do Ubuntu Software Center.
O Skype agora tem um indicador de aplicativos no Ubuntu 11.10, então você não precisa colocar na lista de permissões. Talvez a remoção do Skype da lista de permissões systray faça o indicador entrar em ação?