Simples, basta colocá-los em linhas diferentes.
Os arquivos de lote basicamente executam cada linha como se tivessem sido digitados em um prompt de comando.
Seu batchfile ficaria assim:
forfiles -p "C:\Test" -s -m *.* /D -0 /C "cmd /c echo "Y" | del @path"
forfiles -p "C:\Test" -s /D -0 /C "cmd /c echo "Y" | rd @path"