A resposta curta: não.
Resposta um pouco mais longa: o Acrobat não está configurado para ser executado em várias instâncias. O que você pode fazer, e isso agora também é sancionado e suportado pela Adobe, está executando o Reader com o mesmo número de versão principal (Acrobat XI e Reader XI ou Acrobat X e Reader X).
Se você estiver no Mac, ele não é sancionado oficialmente pela Adobe, mas se você souber o que está fazendo, poderá executar versões diferentes do Acrobat simultaneamente; Eu tenho um desenvolvimento onde, para alterar o documento, o JavaScript tem que estar desligado, mas para testá-lo tem que estar ligado. Por isso, executo o Acrobat 7 com JavaScript desativado e o Acrobat 9 ou XI com JavaScript ativo e, para exibir documentação importante, também tenho o Reader XI ativo.
Para o Windows, não tenho certeza se o Acrobat e o Reader podem ser executados simultaneamente; eles podem ser instalados na mesma máquina.