Eu tenho um cenário semelhante em que sincronizo músicas e filmes do meu computador de jogos para o meu servidor de mídia na LAN da minha casa (a ferramenta não funciona apenas em arquivos de mídia). O tamanho total do arquivo é de cerca de 400 GB, então obviamente não posso usar um serviço de nuvem como drop box ou sky drive sem pagar muito dinheiro. O que eu faço, é toda semana, eu executo uma chamada de programa SyncToy. É desenvolvido pela Microsoft e também é gratuito. Aqui é um link para a página de download. Este programa irá colocar um arquivo em cada diretório, então não o apague ou ele removerá o par. Ele também sincroniza recursivamente.
Se uma de suas máquinas estiver sempre em execução, você poderá ter um script que será executado 30 segundos depois que o outro computador for iniciado (para dar ao computador tempo suficiente para obter um IP). Eu tenho minha configuração de script para montar o compartilhamento NFS e, em seguida, executar a sincronização. Aqui é outra página que descreve outra maneira de automatizar o SyncToy se você Não gosto do método de script em lote. Eu não li muito a página, mas parecia muito estreito quando eu passei por ela.