(I'm guessing. Send an email to sgtatham for the one true answer.)
A razão mais provável para esse valor padrão é a compatibilidade: as distribuições Linux costumavam usar vários conjuntos de caracteres ISO-8859 por um longo tempo antes de alternar para en_US.UTF-8 como padrão. Outros sistemas mais antigos podem não conhecer o UTF-8. Alguns programas ainda não funcionam corretamente com entradas multibyte, mesmo quando construídos com ncursesw no Linux com UTF-8. Finalmente, é impossível que o servidor diga ao PuTTY qual conjunto de caracteres está sendo usado.
(ISO-8859- * são de fato subconjuntos de UTF-8, mas não são compatíveis com binários - somente os primeiros 128 bytes, ASCII, permanecem os mesmos entre vários conjuntos de caracteres.)
É melhor sempre definir o UTF-8 como padrão se você souber que o servidor o suporta.