Existem duas maneiras de instalar um novo sistema operacional pode atrasar as coisas. As unidades de disco variam em velocidade com base na seção do disco que você está acessando, com a parte mais rápida normalmente localizada no início lógico da unidade. Se você mover uma partição para uma seção posterior da unidade, ela provavelmente ficará mais lenta lá.
Também é possível desacelerar um pouco o seu computador se as partições originais estivessem bem alinhadas com os limites do sistema de arquivos, enquanto eles não são mais. O Windows e o Linux lidam com o particionamento de forma um pouco diferente por padrão, e conseguir isso consistente é um desafio.
Nada disso resultará em congelamento aleatório, apenas um desempenho mais lento. É mais provável que seja um problema de hardware. Você deve tentar usar smartmontools enquanto no Linux procura por problemas no disco rígido: verifique os logs de erros, veja se há uma alta contagem de setores realocados (o que sugere que partes da unidade estão falhando) e acione um autoteste.
E o instalador do Mint também deve ter o memtest86, que irá enfatizar seu processador, memória e placa-mãe. Se o memtest86 congelar da mesma maneira, você terá isolado o problema como não relacionado às mudanças no disco rígido - uma vez que inicializa, ele é executado completamente da memória.
Ah, e a primeira coisa: certifique-se de ter um bom backup dos seus arquivos importantes!