Eu finalmente instalei o ubuntu 12.04 instalado depois de descobrir qual era o problema.
Por algum motivo, os cliques do mouse nem sempre são registrados corretamente, então tive que usar as setas, a guia e o espaço para selecionar e alterar as opções.
Agora no Ubuntu eu tenho o mesmo problema. O mouse se move perfeitamente, e na janela ativa eu posso fazer tudo, mas é uma dor real fazer com que alguma outra coisa seja clicada fora daquela janela.
Você pode executar o terminal, execute xev , que está no pacote x11-utils . Isso mostrará a janela dentro da qual você pode clicar e testar os botões do mouse e certificar-se de que o servidor X está de fato recebendo aqueles eventos que serão mostrados na janela do terminal a partir da qual você iniciou o xev .