O bom senso me diz que a opção com o disco rígido inteiro será mais rápida. O motivo é muito amostra. Se você criar contêiner, esse contêiner residirá no sistema de arquivos e, portanto, terá um tempo de acesso mais lento devido a essa camada intermediária. Além disso, qualquer fragmentação no sistema de arquivos em disco irá interferir na velocidade (não muito, mas ...)
Claro que isso pode ser verificado muito rápido, criando duas partições de teste, criar no primeiro sistema de arquivos, criar container, formatá-lo. Em seguida, criptografe a segunda partição. Monte os dois e verifique a velocidade