Embora eu não saiba os detalhes do seu laptop / bateria / carregador, vários tipos de baterias têm uma carga de armazenamento ideal - a carga na qual ele pode ser armazenado por mais tempo. É por isso que as baterias recarregáveis nunca são 100% quando você as compra.
As baterias de íons de lítio (que você provavelmente tem em seu laptop) têm uma taxa de armazenamento de ~ 40%. Se a minha memória me serve bem, isso também vale para o Lithium-Polymer. Depois de armazenar uma bateria LiIon por um ano em temperatura ambiente, totalmente carregada, 80% da capacidade da bateria pode ser recuperada. No entanto, se for deixado com 40% de carga, o nível de carga recuperável chegará a 96%.
Agora, voltando à sua pergunta, se o carregador realmente tentar manter o nível de carga em torno de 40% durante o modo "Ligado, mas não carregando", isso seria melhor do que remover a bateria totalmente carregada.