Você não deve copiar manualmente o AppData. O AppData é projetado para armazenamento interno de dados do aplicativo, e os usuários finais nunca devem copiar isso manualmente. Dito isso, em alguns casos obscuros em que seu programa não possui recursos de backup ou transferência, a cópia manual de todo ou parte de seu AppData pode funcionar. Ele também pode causar possíveis bugs se o AppData que você copiou entrar em conflito com outras configurações do programa que não foram armazenadas lá, mas em outros locais, por exemplo, o registro. Você pode configurar seu novo sistema e esperar para excluir o anterior até que tudo esteja funcionando bem em seu novo sistema.