Sim, você pode usar o tar para criar um arquivo no sistema de arquivos ntfs. Os arquivos tar preservam o proprietário do linux e as informações de permissão.
Se você usa linux acls e atributos estendidos, procure as opções na página de manual do tar.
Você também pode salvar suas informações de propriedade e permissão de forma recursiva por getfacl -r folder > permissions.txt.
Você também pode salvar esse arquivo e restaurar com o setfacl.
Off topic:
A propósito:
NUNCA use o Windows Explorer para copiar pastas para outro disco como backup, se você tiver caminhos de diretório longos, ele corta tudo com um caminho mais longo. CARACTERÍSTICAS SILENCIOSAS (Espero lembrar o número corretamente)
O Ntfs pode armazenar caminhos mais longos e o robocopy pode copiá-los, mas não o explorador de viúvas.
Eu perdi um projeto java assim uma vez ...