Tente isto:
left::
send,{Lbutton down}
keywait,left
Send,{Lbutton up}
return
Você precisa do comando keywait
porque o AHK permitirá que apenas uma das teclas de atalho seja executada por vez, o keywait garante que a tecla de atalho atual não termine até que você solte a tecla. Assim, quando o autorepeat é ativado, o AHK não dispara a tecla de atalho novamente porque ela já está em execução.