Você tem alguns problemas.
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Sua definição de MYPATH está errada. Espaços são significativos ao fazer atribuições SET. Você criou um nome de variável com um espaço no final e um valor com um espaço na frente.
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FOR nomes de variáveis fazem distinção entre maiúsculas e minúsculas:
%%i
e%%I
não são a mesma coisa -
SET outfile=%MYPATHFILE%.shp!
precisaria mudar paraSET outfile=!MYPATHFILE!.shp
Mas seu script pode ser simplificado tremendamente:
for %%F in ("C:\Users\mkcarte2\Desktop\Polygonize\*.tif") do (
gdal_polygonize "%%F" "ESRI Shapefile" "%%~dpnF.shp"
)
Ou você pode executar um simples liner a partir da linha de comando, sem nenhum script:
for %F in ("C:\Users\mkcarte2\Desktop\Polygonize\*.tif") do gdal_polygonize "%F" "ESRI Shapefile" "%~dpnF.shp"