Caso alguém tenha o mesmo problema, o que aconteceu aqui foi que o uso do sinalizador -u alterou o URL base do repositório para ./pdate (porque aparentemente qualquer coisa após -u é interpretada como um valor baseURL).
A solução fácil é simplesmente alterar o baseURL para o valor que deve ser ( link ou o que você tem) por executando:
createrepo -u $ baseURL --update / caminho / para / repositório