Se definido como Auto, se você tiver duas placas gráficas, mas apenas um monitor, o sistema será inteligente o suficiente para saber em qual placa de vídeo o monitor está conectado e você verá a tela.
Onboard / Card, por outro lado, desativará sua placa gráfica integrada e somente a placa gráfica dedicada funcionará em sua máquina. Mesmo se você tiver o monitor conectado à porta gráfica integrada, ele não terá nenhum monitor.
Dependendo do seu sistema, configurá-lo para Auto também pode permitir que você estenda o número máximo de monitores conectados. Por exemplo, se o seu IG (gráficos integrados) suportar um VGA e o seu DG (gráficos dedicados) suportar dois monitores via VGA e DVI, então você poderá essencialmente executar três monitores no total (1 no IG e 2 no DG). No entanto, eu testaria isso com um monitor extra antes de gastar dinheiro, já que nem todas as placas-mãe mais antigas suportam isso. Se você definir a configuração como Onboard / Card, poderá usar apenas as duas portas DG neste exemplo. Qualquer coisa conectada à porta do IG seria descartada.
Você pode perguntar por que você gostaria de fazer algo assim com o Auto. Houve casos em que precisei testar o desempenho de um site que eu estava desenvolvendo em sistemas diferentes. Meu equipamento principal tem placas gráficas Radeon HD 6970 CF para que tudo nelas pareça legal. No entanto, eu uso os gráficos IG para ver como a experiência de um computador de linha de base é algo que pode acabar sendo taxativo (pense em paralaxe rolável). Em alguns casos, tive até que voltar e otimizar alguns códigos para que parecesse mais suave nos cartões IG. Muito mais para isso, mas começa a ficar mais fora do escopo da sua pergunta.