Se você quiser simplesmente fazer o backup das partições, use Clonezilla ou dd de um LiveCD / USB do Linux para criar imagens do mesmo.
Eu tenho 2 o.s. (debian e windows 7) e eu uso ambos. Eles são armazenados em SSDs, então de tamanho pequeno (125GB / 80GB), eu posso clonar os dois em um único HDD (como em duas partições diferentes) para que, se um dos meus ssd estiver com defeito, eu compre um novo restaurar o sistema operacional de uma das 2 partições hdd, conecte o novo ssd e continue trabalhando?
Se sim, qual software devo usar? Possivelmente uma fonte aberta / livre.
Se você quiser simplesmente fazer o backup das partições, use Clonezilla ou dd de um LiveCD / USB do Linux para criar imagens do mesmo.