O Kindle vem com uma senha de tela, apesar de eu duvidar que ele criptografe todos os dados. Sony PRS1 também pode ter o mesmo recurso. Para criptografia - funcionalidade de descriptografia você precisa que a ferramenta esteja presente no seu dispositivo e, como os leitores de e-books têm como objetivo a leitura de lazer, provavelmente não há esses aplicativos disponíveis para o dispositivo (nenhum que eu encontrei). você provavelmente poderia armazenar seus documentos em algum armazenamento em nuvem como o google docs e visualizá-lo diretamente do navegador do kindle. Se você ainda quer exatamente o que você especificou, eu sugiro que você obtenha um tablet que eu tenho certeza que tem ferramentas de criptografia