Não acho que os terminais façam distinção entre ;
e C-;
. Se você quiser usar C-;
, eu tenho medo que você tenha que usar a versão da GUI. Veja por exemplo esta questão sobre C-(
. Você pode ser capaz de dizer ao iTerm2 para enviar um código hexadecimal ao pressionar C-;
que você ligaria no emacs. Eu não tentei embora.