Use algo como dd_rescue para clonar o disco, é perfeito para o que você está procurando Ele realmente faz um pouco para cópia de bit e não apenas uma imagem. Apenas conecte a unidade e a que você deseja clonar, então inicialize em um Live CD do Linux (o Knoppix é ótimo) e clone a unidade com o dd_rescue.
Apenas certifique-se de ser MUITO cuidadoso ao usar esta ferramenta, se não for usado corretamente, pode destruir seus dados.