Depende do tema realmente. Pessoalmente, eu realmente não os uso mais, estou sempre no Windows Classic - mas quando eu usei temas, problemas com vários aplicativos de GUI foram a grande coisa. Certos temas alterariam a orientação dos botões e às vezes cortariam o conteúdo. Mais uma vez, depende do tema, muito não vai fazer isso.
Quanto ao desempenho, mais uma vez depende do tema e do seu sistema. Você não notará realmente um soluço em um sistema mais recente, mas você pode em um sistema mais antigo (ainda improvável). Depende também de que colírio o tema traz para a mesa.
Resumindo: Se você realmente quer um tema, vá em frente. A diferença de desempenho provavelmente não será perceptível se houver, e a maioria dos temas funciona bem com a interface do usuário. Se o pior acontecer, você pode removê-lo facilmente.