Bem, acontece que o problema é a fonte de clock usada pelo kvm no sistema host. Dê uma olhada na saída de:
$ cat /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/current_clocksource
se for tcs
ou tcs_early
você encontrou o culpado, altere-o para uma das outras fontes de relógio disponíveis no seu sistema:
$ cat /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/available_clocksource
Por exemplo, hpet (temporizador de eventos de alto desempenho):
$ echo hpet | sudo tee /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/current_clocksource