A referência diz o seguinte:
3.4.1 File Header
The first line of a PDF file is a header identifying the version of the PDF
specification to which the file conforms. For a file conforming to PDF 1.7,
the header should be
%PDF−1.7
Minha interpretação dessa linha é que, estritamente falando, o arquivo que você tem é não um arquivo PDF válido. A primeira linha termina com o valor correto, mas contém "lixo" adicional antes.
Como já foi dito, é mais provável que até a implementação do leitor de PDF procure a %PDF-x.x
magic, e meu palpite é que a maioria lê até atingir o primeiro 0D 0A
que no seu caso acontece logo após o marcador PDF.
Se os dados de serialização contivessem o valor 0D 0A
, então meu palpite é que o mupdf também falharia em lê-lo.