Como você mencionou, a principal diferença é o padrão de fornecimento de energia.
Os conectores de fonte de alimentação ATX caberão, mas os clipes de travamento podem não se alinhar.
A principal razão pela qual eles criaram um padrão diferente para o formato SSI é suportar os requisitos de energia aumentados de sistemas de CPU dupla, desde que você use uma fonte de alimentação de alta qualidade que dispense energia suficiente para conduzir corretamente TODOS dos componentes que você instalará no computador e descobrir como fazer com que os clipes funcionem, você deve estar OK.