Eu resolvi o problema. Basicamente, o problema era que em dois títulos, o 'salto de seção' fazia parte do título, quero dizer:
blablablabla
<-------------------'section jump'----------
--->Title'
blablabla
No entanto, era invisível e vi esse problema em uma referência cruzada porque a referência cruzada também criou uma nova seção.
A solução foi inserir um 'enter' entre o 'salto de seção' e o título, porém você verá a mesma coisa no documento do Word, mas é muito diferente e não lhe dará problemas:
blablablabla
<-------------------'section jump'---------->(enter)
Title
blablabla