Não consegui encontrar a localização do arquivo de configuração do perfil do terminal, eis o que fiz:
- instalar
dconf
(editor de GUI para configurações de ambiente de área de trabalho) - inicie
dconf-editor
- Ir para a organização > mate > terminal > perfis > profile0
- edite a chave "comando personalizado" (configure-a para vazia)
Depois disso, consegui iniciar o terminal sem executar meu comando personalizado e tive acesso a preferências de perfil novamente.