O GEdit (e o Libreoffice) não são as ferramentas certas para isso.
Se eu entendi bem, então você quer converter
123456\n
em
123456
Use Perl, por exemplo:
perl -pe 'chomp' your_input_file.txt > without_newlines.txt
Atualizar O arquivo de entrada acabou tendo não apenas quebra de linha, mas também um caractere de continuação de linha \
no final, ou seja:
2.7182818284590452353602874713526624977572470936999595749669676277240766\
303535475945713821785251664274274663919320030599218174135966290435729003342952\
605956307381323286279434907632338298807531952510190115738341879307021540891499\
348841675092447614606680822648001684774118537423454424371075390777449920695517\
...
Para removê-los (assim como as quebras de linha), o seguinte comando fará:
perl -pe 'chomp; s/\//;' your_input_file.txt > without_newlines.txt