Para gerar rapidamente novos pacotes com o patch aplicado, execute o seguinte em um terminal gnome:
sudo apt-get build-dep indicator-applet
sudo apt-get install devscripts
apt-get source indicator-applet
cd indicator-applet-<version-string>
cp /path/to/patch/indicator.patch .
patch --dry-run -p1 < indicator.patch
Continue somente se isso ocorrer sem erros.
patch -p1 < indicator.patch
debuild -us -uc
Agora espere que a coisa compile e se tudo funcionou, você terá alguns debs prontos para instalação:
cd ..
sudo dpkg -i *.deb # I'm lazy, just choose the debs that are already installed
Você precisaria fazer isso toda vez que o indicador-applet fosse atualizado (mas eu não sei com que frequência essas atualizações acontecem em versões estáveis).