Todos os instaladores do Windows (pelo menos aqueles que usei do 3.1 ao Win 7) instalam seu próprio gerenciador de inicialização se não forem encontrados (e, é claro, ele não reconhece o Grub ou o Lilo).
O que você precisa fazer é reinstalar o grub, inicializando de alguma forma o linux (live CD, a imagem de instalação ou uma instalação USB. Não importa, realmente) e execute este comando:
grub-install /dev/sda
Se o disco rígido principal não for sda , substitua o nó do dispositivo pelo que for apropriado. sda corresponde à primeira unidade SATA na maioria dos casos, portanto, se for sua unidade principal ou única, ela deverá funcionar para você.
O grub-install examinará sua unidade em busca de qualquer sistema operacional inicializável e instalará o Grub com uma lista de sistemas operacionais apropriada para escolher.
A configuração do temporizador para a seleção do SO é feita editando /etc/default/grub com seu editor de texto favorito e ajustando a linha que diz GRUB_TIMEOUT=XX