Quando diz "Mover estes também não é suportado", está se referindo ao fato de que isso raramente resulta em um sistema confiável, upgrade ou não. O problema aqui é que muitos programas fazem referências absolutas a arquivos dentro dessas pastas, portanto, se você mover a pasta, o arquivo não será encontrado.
Se você digitar set em um prompt cmd (dos) e pressionar enter, ele fornecerá uma lista de variáveis de ambiente, algumas das quais informam onde o Windows pensa que essas pastas realmente são.
Se eles são realmente em unidades separadas, isso não é uma coisa fácil de alterar sem quebrar as coisas por causa das referências absolutas. Altere o local e você precisará consertar várias configurações. Na verdade, provavelmente menos trabalho para fazer uma instalação limpa nesse caso.