Eu não usei o BlueJ, mas a maioria dos aplicativos tem seus arquivos de configuração padrão, que não devem ser modificados pelos usuários (e se isso é o que seu administrador de sistemas se recusa a modificar, ele pode estar certo) um arquivo de configuração específico do usuário em $ HOME /. Analisando a documentação p.30, o BlueJ pode ser chamado assim:
java -jar bluej.jar -Dbluej.language=german
e também possui um arquivo de configuração específico do usuário em:
<USER_HOME>/.bluej/bluej.properties