Eu tive um problema semelhante quando tentei inicializar duas vezes o Windows 8.1 e o Fedora. Depois que eu iniciei no Windows, o menu de inicialização do Grub desapareceu até que eu mudei minhas configurações de BIOS, então funcionaria até que eu inicializei o Windows novamente. Esses dois links me ajudaram a resolver o problema:
Alguns PCs com firmware UEFI, especialmente os HP, verificam sempre que inicializam se o item de inicialização padrão é /EFI/Microsoft/Boot/bootmgfw.efi (o gerenciador de inicialização do Windows) e, se for algo diferente como o GRUB, eles o redefinem. A maneira de contornar isso é substituir bootmgfw.efi por grubx64.efi , o que engana o PC a pensar que o bootloader do Windows é o padrão.
Para fazer isso, você pode mover o arquivo bootmgfw.efi original (o gerenciador de inicialização do Windows) para cima em um diretório, depois copiar grubx64.efi para a pasta onde o inicializador do Windows estava e renomeá-lo. Você também precisará atualizar o caminho para o bootmgfw.efi original em /EFI/fedora/grub.cfg , para que o GRUB possa encontrar o Windows para inicializá-lo.