Eu procurei em um computador antigo que tinha essa configuração ativada e consegui atualizar manualmente o arquivo de configuração que fazia esse trabalho (não consegui fazer isso através de qualquer GUI que encontrei).
O arquivo:
/ home / (nome de usuário) /. gconf / apps / metacity / global_keybindings /% gconf.xml
O conteúdo:
<?xml version="1.0"?>
<gconf>
<entry name="run_command_terminal" mtime="1395776965" type="string">
<stringvalue>Super_L</stringvalue>
</entry>
</gconf>
A chave para mim usando "Super_L" como o valor da string. Quando editado com o gui estava usando "Mod4"