Quando você pressionar ? na barra lateral do NERDTree, você receberá uma ajuda de todos os comandos disponíveis.
Entre eles (na configuração padrão) estão i para uma divisão e s para uma divisão vertical.
Você pode ler tudo sobre os detalhes no :help NERDTreeMappings ; também é possível reatribuí-las, se essas chaves não corresponderem ao seu gosto.