Soa como um problema local para essa máquina, pensando que provavelmente teria a ver com configurações pré-armazenadas em cache.
Eu recomendaria a exclusão de todas as configurações que o filezilla pode ter. Você pode encontrar os arquivos aqui: %APPDATA%/FileZilla
Exclua todos e tente novamente.
NOTA: Isso removerá toda a senha salva.