Normalmente, quando você instala uma placa gráfica discreta (sua Geforce), os gráficos integrados são desativados. Em alguns casos, ambos podem ser usados se o BIOS suportar, mas você deve ter encontrado essa opção nas configurações do BIOS.
Você deve definitivamente ser capaz de usar as duas saídas na placa Geforce para rodar os dois monitores, no entanto.