O RAIDZ de 3 unidades só oferece um pico de processamento de 2x. Assim, o array ZFS deve ser capaz de fornecer largura de banda suficiente para saturar a interface GigE. A questão é: o que serve esses dados pela rede no seu caso?
Se é samba, você precisa ajustá-lo um pouco para obter uma transferência decente a partir dele. No meu caso no FreeBSD, habilitar o aio e o SMB2 fez uma grande diferença.
Verifique também se você tem mais de 4 GB de RAM. Com 4 GB de RAM ou menos, o FreeBSD (e, provavelmente, o FreeNAS) desabilitará a pré-busca de dados, o que degradará visivelmente o desempenho do samba, especialmente quando o SMB2 não estiver habilitado.