Se outros usuários tiverem acesso root ao sistema, a única maneira que posso ver para proteger seus arquivos / pastas é a criptografia e a descriptografia.
Muitas respostas estão listadas aqui (no AskUbuntu) sobre criptografar / descriptografar, mas mostrarei o método mais simples, na minha opinião.
OpenSSL
Criptografar / descriptografar arquivo
openssl aes-256-cbc -in file -out file.aes
openssl aes-256-cbc -d -in file.aes -out file
OpenSSL & amp; Alcatrão
Criptografar / descriptografar pasta
tar -zcf - directory | openssl aes-256-cbc -out directory.tar.gz.aes
openssl aes-256-cbc -d -in directory.tar.gz.aes | tar -xz -f -
Mantenha sua senha de descriptografia fora da vista e fora do sistema.