Acho que há muito tempo havia uma maneira de desligar dispositivos USB apenas por software. Então as pessoas começaram a mexer com o poder dos discos USB apertando a pilha do driver USB. Depois de todos os deuses do kernel removerem os recursos de desligamento do software.
A única maneira que atualmente conheço para desligar completamente os dispositivos USB é uma solução híbrida de hardware e software: