Pacotes são removidos do repositório em versões mais recentes por diferentes razões.
Geralmente, os nomes dos pacotes têm uma referência à sua versão. Nesse caso, uma versão mais nova pode existir. Nesse caso, a dependência do seu pacote pode precisar ser atualizada. No entanto, isso é mais um substituto do que um simples descarte de pacotes.
Pacotes são freqüentemente descartados quando não há mais desenvolvimento ativo, e eles não estão em um estado que é valioso. Não faz sentido manter os pacotes com erros críticos que não são corrigidos.
Outra razão pode ser que nenhum mantenedor trabalhe mais no pacote. Isto pode até ser o caso no Debian, já que muitos dos pacotes do Ubuntu são sincronizados do Debian. Isto é uma questão de interesse. Se o mantenedor atual não tiver mais tempo ou paixão, o pacote será colocado em uma lista de pacotes órfãos. Isso permite que a comunidade olhe se alguém mais se aproximar. Caso contrário, ele será descartado após algum tempo, uma vez que é assumido que ninguém mais tem interesse no pacote.
No seu caso particular, o GNU Fortran 77 foi substituído pelo compilador GNU Fortran 95. Portanto, as bibliotecas de tempo de execução foram descartadas também. Não tenho certeza se isso ajuda você, mas seu pacote deve ser executado no novo compilador Fortran (que deve ser possível se for de código aberto). Em seguida, ele usará a nova biblioteca disponível.