Os arquivos podem ficar presos em ~/.local/share/Trash/expunged
quando você exclui do Nautilus uma pasta que pertence a você, mas contém arquivos que pertencem a outro usuário, e é complicado para o Nautilus lidar com essa situação corretamente. Para excluí-los, tente usar:
sudo -i
rm -rv /home/<your_username>/.local/share/Trash/expunged/*
exit