Eu tive exatamente o mesmo problema há alguns meses, comendo um site inteiro apenas editando 3 arquivos. Felizmente, o problema foi fácil de consertar e eu não explorei o porquê e prometi nunca mais usar esse recurso novamente.
Mas a sua pergunta leva-me a esta discussão no launchpad que pode ser interessante . Resumindo:
- O bug está no lado do GVFS e existe desde sempre sem qualquer progresso.
- Acontece com outros editores / IDEs também.
- Não há nada que você possa fazer no próprio Vim para evitar esse bug.
- A utilização de
sshfs
em vez do GVFS parece funcionar corretamente.