Você não precisa mexer nos arquivos sinalizadores - o cron já faz isso para você. Você pode agendar um trabalho @reboot que será executado exatamente uma vez sempre que a instância for iniciada:
Em um usuário crontab:
@reboot /my/script
Em todo o sistema /etc/crontab :
@reboot root /my/script
E, é claro, simplesmente adicionar comandos a /etc/rc.local terá o mesmo efeito, pois rc.local só é executado na inicialização (apesar de um pouco mais tarde do que o @reboot cronjobs).