A descrição do extensor eSATA diz:
The RAID engine is embedded within the enclosure and performs all RAID parity calculation to reduce CPU utilization from the host QNAP NAS
Então, aparentemente, esse modo de operação que você deseja é totalmente suportado. Agora, acredito que sua rede será um gargalo e não eSATA, por isso não acho que você terá qualquer degradação no desempenho. Isto é claro, assumindo que a caixa NAS é sã e sua porta eSATA é tão rápida quanto suas portas SATA internas, etc.
No entanto, você está recebendo duas caixas em vez de uma. Duas vezes a quantidade de coisas para dar errado, etc. Por isso, será menos confiável. Mas acho que será tão rápido para você.