Este link explica qual é o problema e como fazer com que o NX Client trabalhe com o Ubuntu 11.10. As instruções lá funcionaram para mim.
link
Trecho para sua conveniência:
O menu do sistema pode estar faltando em uma sessão do NX rodando no Ubuntu 11.10 se o ambiente de desktop for Unity 3D
O menu do sistema está ausente na sessão do NX quando o ambiente de área de trabalho 3D do Unity é iniciado em vez do Unity 2D.
O Unity 2D é o substituto para os servidores X que não suportam gráficos 3D, como para o agente X11, nxagent. No entanto, se a máquina de hospedagem tiver suporte para uma placa gráfica 3D, o Unity 3D também será lançado dentro da sessão do NX.
O Ubuntu 11.10 vem com um script, o Unity Support Test, para verificar se o computador hospedeiro suporta ou não o Unity 3D. Se sim, um arquivo é armazenado no diretório / tmp.
Para anular esse comportamento e executar o Unity 2D em vez do Unity 3D, é necessário excluir o arquivo criado pela ferramenta Unity Support Test dentro do diretório / tmp. Este arquivo tem formato /tmp/unity_support_test.X, onde X é um número progressivo, por exemplo:
/tmp/unity_support_test.1