Seu comando find original imprime todos os diretórios, exceto aqueles sob um diretório .svn , em particular, imprime ~/Documents . Experimentalmente, rsynccrypto recursiva em todos os diretórios existentes em uma lista de arquivos, mesmo que (como você, eu acho) eu entenda a documentação para dizer que ela deve apenas recorrer a diretórios com um / anexado.
Portanto, você precisa imprimir apenas arquivos que não sejam diretórios. Isso significa que você deve restringir -print com -type f (para fazer backup apenas de arquivos regulares) ou ! -type d (para fazer backup de todos os não diretórios, incluindo links simbólicos).
find ~/Documents -type d \( -name .svn -o -name .DS_Store \) -prune \
-o \! -type d -print
Observe que isso não fará backup do horário de modificação e da propriedade de diretórios ou de diretórios vazios. Isso também incluirá diretórios vazios:
find ~/Documents -type d \( -name .svn -o -name .DS_Store \) -prune \
-o \! -type d -print \
-o -type d -empty -print