Aqui está o meu pensamento: a diferença entre o Firefox 3.5.9 e 3.5.10 é principalmente na forma de correções de bugs. Pode haver algumas mudanças muito pequenas na aparência e funcionamento do navegador, mas geralmente quando você altera apenas o terceiro componente do número da versão, o programa permanece praticamente o mesmo. Portanto, é muito improvável que alguém tenha uma razão para não querer fazer essa atualização.
No entanto, se você passar de 3.5 para 3.6, existem alguns recursos novos e mudanças significativas na aparência e na função do programa, o que pode afetar o modo como você o utiliza. Por exemplo, algumas dessas alterações podem quebrar a compatibilidade com complementos que você possa ter instalado. Nesse caso, o pessoal da Mozilla provavelmente quer que você examine as mudanças e pense se você quer ou não fazer essa atualização.
Pode haver um motivo técnico pelo qual eles não podem atualizar o 3.5 para o 3.6 automaticamente, mas, em caso afirmativo, não sei o que ele pode ser.