Depois de alguns commits, decidi deletar um arquivo que se tornou desnecessário. Eu fiz isso, cliquei na raiz do site e cliquei em "Check In".
Todos os arquivos que foram alterados durante o último commit estão nessa lista, mas não no arquivo que eu deletei. (afaik deve mostrá-lo como excluído)
You can delete files from the repository. Switch to Repository view in the Files panel, select the file(s) you want to delete, and press Delete. When prompted, confirm that you want to delete the file(s).
de link
Disclaimer: Eu uso o DW e o SVN, mas nunca os usei juntos.
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