Eu não acredito que haja uma maneira de mudar isso (de fato, a coisa parece ser completamente portátil), mas se você estiver no Windows Vista, ou 7, você pode usar links simbólicos para executar esta tarefa. Vou usar o exemplo de dropbox, porque é o que eu faço:
1) Altere o diretório de configuração para o diretório do aplicativo. Mova o arquivo de configuração para a pasta \ My Dropbox (com foobar desativado)
2) Vá para uma linha de comando e cd em seu diretório foobar2000.
3) Executar mklink /H foobar2000.cfg "c:\path\to\your\my dropbox\folder\foobar2000.cfg"
4) Comece foobar, tudo deve funcionar bem.
Isso funciona para qualquer arquivo e mklink /J
faz o mesmo para qualquer pasta . Os links simbólicos são como atalhos que ninguém pode dizer são atalhos e, combinados com algo como dropbox, são perfeitos. Ainda existe um arquivo bagunçando seu disco rígido para vinculá-lo, mas isso é um mal necessário (e você poderia tentar attr +s +h foobar2000.cfg
no link simbólico, para escondê-lo da maioria das visualizações de arquivo)